Nel corso del XIII sec. Salerno perde importanza a causa della sempre più crescente egemonia della vicina Napoli, ma grazie al suo porto e all'importante fiera diventa punto di riferimento di mercanti anche forestieri.

Con l’arrivo di Angioini e Aragonesi, e con lo spostamento della capitale a Napoli, il ruolo di Salerno si ridimensiona, ma la città non smette di svolgere un ruolo significativo nel contesto regnicolo, grazie anche al fatto di avere un importante porto, fondato dallo svevo Manfredi nel 1259, e di essere sede di una delle più grandi fiere del Mezzogiorno, frequentata da mercanti regnicoli e forestieri, istituita dallo stesso sovrano nel medesimo anno: entrambe le strutture continueranno ad essere funzionanti nei secoli successivi.

Nel periodo angioino vive a Salerno il famoso medico Matteo Silvatico, noto a Boccaccio che scrive una novella (X della IV giornata) in cui c’è un medico salernitano dal nome di Mazzeo della Montagna, chiaramente ispirato a lui. Matteo Silvatico è il fondatore di quello che è oggi chiamato Giardino della Minerva, uno splendido orto botanico restaurato secondo i principi della medicina medievale. 

Salernitano è anche il maggiore novelliere del Quattrocento, Tommaso Guardati, famoso come Masuccio Salernitano, erede di Boccaccio con le sue novelle, molte delle quali ambientate a Salerno, in cui si descrivono, tra le altre, via dei Mercanti, chiamata la “drapparia”, la Chiesa di Sant’Agostino, la Piazza del Sedile del Campo. Resti architettonici di quel periodo sono sparsi nella città, il più bello e famoso è l’Arco Catalano, opera del periodo aragonese. 

A Salerno viene a abitare, sul finire del Trecento,  Margherita di Durazzo, madre di re Ladislao: il loggiato del suo palazzo, in bello stile rinascimentale, è integrato nel Museo Archeologico Provinciale, e la sua tomba, di equilibrio e eleganza, si trova in fondo alla navata sinistra della cattedrale cittadina, dove fu trasferita dal convento salernitano di S. Francesco, dove era originariamente collocata.

Alcune chiese salernitane sono del Cinquecento, ma il secolo, dal punto di vista artistico, è segnato da Andrea Sabatini, noto come Andrea da Salerno, allievo di Raffaello, le cui opere sono visibili nella Chiesa di San Giorgio, e nella Pinacoteca del Museo Diocesano.